Cirphles
�cole normale sup�rieure CNRS
> Centre Cavaillès > Équipe > Pages personnelles > Jean-Jacques Kupiec

Jean-Jacques Kupiec

Sommaire

Diplômes, qualifications (Degrees and qualifications)
Courte biographie
Short biography
Ouvrages (Books)
Direction (ou codirection) d’ouvrages collectifs (Editor or coeditor of collective books)
Chapitres d’ouvrages collectifs (chapters in collective books)
Publications dans des journaux scientifiques (List of publications in scientific journals)
Interview dans Libération
Articles de vulgarisation

 

Diplômes, qualifications (Degrees and qualifications)

Doctorat en biologie (PhD), Université Paris 7 Denis Diderot, 1993 : « Etude de l’organisation génomique et de la transcription inverse des spumavirus » (Genomic organization and reverse transcription in spumaviruses )

Habilitation à Diriger des Recherches – HDR (Habilitation to direct research), Université Paris 7 Denis Diderot, 2000 : « Le modèle de hasard-sélection : théorie et applications » (The chance selection model : theory and practice)

Qualifié aux fonctions de professeur des universités par le conseil national des universités (CNU) en biologie cellulaire (section 65) et en philosophie des sciences (section 72) (qualified by the national council of universities to be professor in cell biology and epistemology) 

Courte biographie (Short biography in English : see below)

 Je mène des recherches interdisciplinaires à la croisée de la biologie, de l’histoire et de la philosophie de la biologie. J’étudie le vivant (notamment le rôle qu’y joue le hasard) d’un point de vue philosophique, théorique et expérimental. Il s’agit d’une recherche commencée il y a une trentaine d’années, lorsque j’ai proposé le premier modèle reliant explicitement la différenciation cellulaire et l’expression stochastique des gènes.

Dans les années 1980 et 1990, la biologie moléculaire expérimentale a constitué mon activité principale dans le cadre de mes fonctions à l’Inserm, alors que je pratiquais de manière volontaire une recherche en biologie théorique et en philosophie de la biologie. J’ai cloné et séquencé le génome de plusieurs rétrovirus ou éléments rétroviraux, à une époque où les techniques n’étaient pas encore automatisées, et j’ai aussi analysé leur cycle réplicatif. Depuis 2003, au centre Cavaillès (ENS), le rapport entre ces différents aspects de mon travail s’est modifié. La biologie théorique, l’histoire et la philosophie de la biologie sont devenus mon activité principale, mais je continue à collaborer étroitement avec des expérimentateurs.

A partir d’un modèle initial de différenciation cellulaire probabiliste, j’ai développé une théorie de l’embryogenèse et du fonctionnement du vivant fondée sur l’idée que la sélection naturelle se poursuit à l’intérieur de l’organisme. J’ai notamment développé le concept d’ontophylogenèse (l’ontogenèse et la phylogenèse sont les deux faces d’un seul phénomène) à partir des données de la recherche expérimentale et à partir d’une analyse sur l’ontologie de la biologie.

Je me suis aussi attaché à montrer que l’espèce et l’individu ne sont pas des entités premières mais deux aspects secondaires dérivés d’une entité primaire unique : la lignée généalogique. Sur le plan expérimental, ma collaboration avec des biologistes expérimentateurs et des mathématiciens ou physiciens vise à étudier l’expression stochastique des gènes et le développement embryonnaire (collaborations avec : Olivier Gandrillon, CNRS, UCB Lyon 1 ; Guillaume Beslon, INSA Lyon ; Andras Paldi, Généthon, Evry ; Bertrand Laforge, UPMC).

Dans ce cadre, j’ai participé à la création d’un consortium financé par l’ANR (projet Stochagène, ANR-2011-BSV6-014) dont je suis membre du comité de pilotage. En parallèle, j’ai créé un séminaire d’histoire et de philosophie de la biologie qui fonctionne sans interruption depuis septembre 2003. Plus récemment, j’ai créé le groupe de travail Haredhol (Hasard/Holisme/Réductionnisme) qui analyse l’impact des modèles probabilistes en biologie sur le débat récurent entre holisme et réductionnisme. 

Short biography in English

My research is interdisciplinary, at the crossroad of biology, history and philosophy of biology. My main area of study is life, most notably the role played by chance, from a philosophical, theoretical and experimental point of view. I started this research thirty years ago when I proposed the first model of cell differentiation explicitly based on stochastic gene expression. 

During the 80s and 90s, experimental molecular biology was my main field of research at INSERM, while I conducted more personal research in theoretical biology and philosophy of biology. During this period, I sequenced the genome of several retroviruses or retroviral elements, at a time when it had to be done manually, and I analyzed their replicative cycle as well. The relative importance of these different aspects of my work changed from 2003, when I joined the Centre Cavaillès (ENS). Theoretical biology and philosophy of biology have become my main occupation, but I still collaborate closely with experimental biologists.

Starting from my initial model of stochastic cell differentiation, I have developed a theory of embryogenesis and organism functioning based on the idea that natural selection is also at work inside the organism. I have notably developed the concept of ontophylogenesis (ontogenesis and phylogenesis are two sides of a single phenomenon) based on experimental data as well as on analysis of the ontology of biology.

My theory of ontophylogenesis underlines that the species and the individual are not primary real entities (in the ontological meaning), but secondary entities derived from a single primary entity : the genealogical line. My collaborations with experimental biologists, mathematicians and physicists aim at studying stochastic gene expression during embryonic development (collaborations with Olivier Gandrillon, CNRS, UCB Lyon 1 ; Guillaume Beslon, INSA Lyon ; Andras Paldi, Généthon, Evry ; Bertrand Laforge, UPMC). A consortium funded by ANR (Stochagène project, ANR-2011-BSV6-014), of which I am part of the leading committee has recently been created.

My seminar in the history and philosophy of biology has been functioning at the Centre Cavaillès since 2003. More recently, I have created a working group named Haredhol (Chance/Holism/Reductionism), aimed at analyzing how probabilistic models of gene expression and cell functions interfere with the recurrent debate between holism and reductionism.

Ouvrages (Books)

Ni Dieu, ni gène. Le Seuil, 2000, (avec Pierre Sonigo).

L’origine des individus. Fayard, 2008 (english translation : The origin of individuals. World Scientific, 2009).

L’ontophylogenèse. Quae, 2012. 

Direction (ou codirection) d’ouvrages collectifs (Editor or coeditor of collective books)

Jean-Jacques Kupiec, G. Lecointre, Marc Silberstein, Franck Varenne « Modèles, simulations, systèmes » Matière première, N° 3, Syllepse, 2008.

Jean-Jacques Kupiec, Olivier Gandrillon, Michel Morange, Marc Silberstein « Le hasard au cœur de la cellule » Syllepse, 2009, repris par les éditions Matériologiques en 2011 

Jean-Jacques Kupiec, Olivier Gandrillon, Guillaume Beslon, Delphine Kolesnik « Chance at the Heart of the Cell » Progress in Biophysics and Molecular Biology, Volume 110, n° 1, 2012.

Jean-Jacques Kupiec « La vie, et alors ? » Belin, 2013.

François Duchesneau, J.J Kupiec, Michel Morange « Claude Bernard : La méthode de la physiologie Editions Rue d’Ulm, 2013.

Chapitres d’ouvrages collectifs (chapters in collective books)

Kupiec J.J. Cell differentiation is a stochastic process subjected to natural selection. In « Towards a theory of development ». T. Pradeu et A. Minelli Eds. Oxford University Press. Publication prévue en mai 2014.

Kupiec, J.J. L’évolution, un long fleuve tranquille ? in La vie, et alors ? J.J. Kupiec Ed., belin, 2013.

J. Glisse, L. Le Guillou, B. Laforge, J.J. Kupiec. Simulation informatique du modèle darwinien de la différenciation cellulaire. In « Le hasard au coeur de la cellule ». J.J. Kupiec, O. Gandrillon, M. Morange, M. Silberstein Eds. Syllepse, 2009 (repris par les Editions Matériologiques en 2011).

A. Coulon, G. Beslon, F. Chatelain, A. Fuchs, O. Gandrillon, M. Gineste, J.J. Kupiec, C. mejia-Perez, A. Pàldi. Mécanismes moléculaires et fonction biologique de la variabilité de l’expression génique à l’échelle de la cellule unique : une approche systémique. In « Le hasard au coeur de la cellule ». J.J. Kupiec, O. Gandrillon, M. Morange, M. Silberstein Eds. Syllepse, 2009 (repris par les Editions Matériologiques en 2011).

M. Silberstein, J.J. Kupiec, O. Gandrillon. De la nécessité du hasard en biologie. In « Le hasard au coeur de la cellule ». J.J. Kupiec, O. Gandrillon, M. Morange, M. Silberstein Eds. Syllepse, 2009 (repris par les Editions Matériologiques en 2011).

 

Kupiec J.J. Une approche darwinienne de l’ontogenèse In « Les mondes darwiniens ». T. Heams, P. Huneman, G. Lecointre, M. Silberstein Eds., Syllepse, 2009 (repris par les Editions Matériologiques en 2011).

Kupiec J.J. L’hérédité : entre amortalité du corps et immortalité de l’âme, In « La mort et l’immortalité » (Encyclopédie des savoirs et des croyances), Frédéric Lenoir et Jean-Philippe de Tonnac Eds, 2004, Editions Bayard.

Kupiec J.J. Vers un darwinisme cellulaire (Ni programme génétique ni auto-organisation) In « Les matérialisme et leurs détracteurs ». J. Dubessy, G. Lecointre, M. Silberstein Eds. Syllepse. 2004

Kupiec J.J. La sélection naturelle à l’intérieur de l’organisme, In dossier dirigé par C. Wolfe consacré à la philosophie de la biologie dans la revue Multitudes No 16, 2004.

Kupiec J.J. La biologie a-t-elle opéré sa révolution copernicienne ? In Les nouveaux débats du vivant, Paul-Antoine Miquel et Marie-Chrisitine Maurel éds, 2003, Editions Kimé.

Kupiec J.J. Au-delà du réductionnisme. Encyclopédie Universalis (Série La science au présent), 2000.

Kupiec J.J. Retour vers le phénotype. Prétentaine (Le vivant), 2001.

Kupiec J.J. Spécificité et plasticité en biologie. In « Plasticité », Catherine Malabou Ed., Editions Leo Scheer, 2000.

Kupiec J.J. et P. Sonigo. Du génotype au phénotype. In “Pour Darwin”. P. Tort Ed. Presses Universitaires de France, 1997.

Guiget, M., Kupiec, J.J., Valleron, A.J. A systematic study of the variability of cell cycle phase duration in various experimental mammalian systems. In "Cell Cycle Clocks". N. Edmunds Ed. M. Dekker, N.Y., 1984. 

Publications dans des journaux scientifiques (List of publications in scientific journals)

Viñuelas J, Kaneko G, Coulon A, Vallin E, Morin V, Mejia-Pous C, Kupiec JJ, Beslon G, Gandrillon O. Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts. BMC Biol. 2013 Feb 25 ;11:15. doi : 10.1186/1741-7007-11-15.

Gandrillon O, Kolesnik-Antoine D, Kupiec JJ, Beslon G. Chance at the heart of the cell. Progress Biophys Mol Biol. 2012 Sep ;110(1):1-4.

Kupiec, J.J., 2009. On the lack of specificity of proteins and its consequences for a theory of biological organization. Progress Biophys. Mol. Biol. 102(1):45-52.

Laforge, B., Guez, D., Martinez, M., Kupiec, J.J., 2005. Modeling embryogenesis and cancer : an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependance of cells for proliferation. Progress Biophys. Mol. Biol. 89 : 93-120.

Imamura T, Kerjean A, Heams T, Kupiec JJ, Thenevin C, Paldi A., 2005. Rapid CpG and non-CpG methylation turnover of Peg/Mest in the mouse oocyte and preimplantation embryo. J. Biol. Chem. 280(20) : 20171-5 

Heams, T., Kupiec, J.J., 2003. Modified 3’-end amplification PCR for gene expression analysis in single cells. Biotechniques 34, 712-714.

Hazebrouck S., Machtelinckx V, Kupiec J.J et Sonigo P. Local and spatial factors determining HIV1 protease substrate recognition, Biochem. J. 358 : 505-510, 2001.

Hazebrouck S., Machtelinckx V., Maley F., Sonigo P. et Kupiec J.J. Structural and functional analysis of surface domains unique to bacteriophage T4 thymidylate synthase. Biochemistry. 38 : 2094-2101, 1999

Kupiec J.J. L’influence de la philosophie d’Aristote sur l’élaboration de la théorie de l’évolution et sur la génétique. Revue Européenne de Sciences Sociales, 1999, Tome XXXVII No 115 : 89-116.

Kupiec J.J. Un modèle de hasard-sélection pourrait expliquer la différenciation de plusieurs lignées cellulaires. Médecine/Science. 14 : 115-21, 1998.

Kupiec J.J. A Darwinian theory for the origin of cellular differentiation. Mol. Gen. Genetics. 255 : 201-208, 1997.

Kupiec J.J. et Sonigo P. Du génotype au phénotype : instruction ou sélection ? Médecine/Science - Bulletin de la Société Française de génétique. 13 : I-VI, 1997.

Kupiec, J.J. A chance-selection model for cell differentiation. Cell Death and Differentiation. 3:385-390, 1996.

Kupiec, J.J., Hazebrouck, S, Leste-Lasserre, T and Sonigo P., Conversion of thymidylate synthase into an HIV protease substrate J. Biol. Chem. 271:18465-18470, 1996.

Kupiec, J.J. and Sonigo, P., Reverse transcriptase jumps and gaps J. Gen. Virol. 77:1987-1991, 1996.

Kupiec, J.J., Kay, A., Hayat, M., Ravier, R., Peries, J. and Galibert, F. Sequence analysis of the simian foamy virus type 1 genome. Gene. 101(2):185-194, 1991.

Tobaly-Tapiero, J., Kupiec, J.J., Sentillana-Hayat, M., Peries, J. and Ravier, R. Further studies on the gapped DNA intermediate of foamy viruses : evidence for a dual initiation of plus-strand DNA synthesis. J. Gen. Virol., 72:605-608, 1991.

Grausz, J.D. and Kupiec, J.J. Faster method of isolating DNA from cellular lysates based upon the formamide denaturation-dialysis treatment. Methods Mol. Cell. Biol. 2:141-142, 1991.

Servenay, M., Kupiec, J.J., Peries, J. and Ravier, R. 5’ LTR complete nucleotide sequence of Chinese intracisternal A-particle. DNA sequence (J. of Sequencing and Mapping) 1:365-367, 1991

Servenay, M., Kupiec, J.J., Peries, J. and Ravier, R. Molecular cloning and characterization of retrovirus-like intracisternal type A particles genes (IAP) present in the Chinese hamster genome. Virus Gene, 4:351-358, 1990.

Kupiec, J.J. Gene regulation and DNA C-value paradox : a model based on the diffusion of regulatory molecules. Medical Hypotheses, 28 (1):7-10, 1989.

Kupiec, J.J., Giron, M.L., Vilette, D., Fourcade A. and Ravier, R. Une nouvelle technique pour la preparation d’ADN. Innov. Tech. Biol. Med. 10(5):572-576, 1989

Lesser, J., Ganem, Y.J., Kupiec, J.J., Launay, J.M. and Peries, J. Intracisternal A particle gene related sequences are present in multiple copies in normal tissues and and tumors of Mastomys natalensis (Muridae). Nucleic Acids Research, 16:767, 1988.

Servenay M., Kupiec, J.J., d’Auriol, L., Galibert, F., Peries, J. and Ravier, R. Nucleotide sequence of the Chinese hamster intracisternal A-particle genomic region corresponding to the 5’ LTR-GAG. Nucleic Acids Research, 16:7725, 1988.

Kupiec, J.J., Tobaly-Tapiero, J., Canivet, M., Santillana-Hayat, M., Flugel, R.M., Peries, J., and Ravier, R. Evidence for a gapped linear duplex DNA intermediate in the replicative cycle of human and simian spumaviruses. Nucleic Acids Research, 16:9557-9565, 1988.

Kupiec, J.J., Giron, M.L., Vilette, D., Jeltsch, J.M. and Ravier, R. Isolation of high-molecular-weight DNA from eukaryotic cells by formamide treatment and dialysis. Analytical Biochemistry, 164:53-59, 1987.

Kupiec, J.J. A probabilist theory for cell differentiation : the extension of Darwinian principles to embryogenesis. Spec. Sci. Technol., 9(1) : 19-22, 1986.

Kupiec, J.J. A probabilist theory for cell differentiation, embryonic mortality and DNA C-value paradox. Spec. Sci. Technol. 6(5):471-478, 1983.

Kupiec, J.J. Multifile searching : a review of the current situation. Med. Informatics 5(1):75-83, 1980.

Interview dans Libération sur les résultats du programme ENCODE

Articles de vulgarisation

Kupiec J.J. Le triomphe du principe de divergence. Sciences et Avenir No 169 Hors-série « Qu’est-ce que l’homme », décembre 2012

Kupiec J.J. L’ADN, entre hasard et contraintes. Pour La Science. No 385 novembre 2009, pp. 88-95.

Kupiec J.J. Le darwinisme cellulaire. Pour la Science. Dossier Hors Série L’évolution. avril-juin 2009.

Kupiec J.J. L’expression aléatoire des gènes. Pour La Science. No 342 avril 2006, pp. 78-83.

Kupiec J.J. Un ordre humain, trop humain… Science et Avenir Hors Série, L’énigme de l’émergence. No 143, juiller-août 2005, pp. 30-35.

Kupiec J.J. Probabilisme, biologie. Article dans le dictionnaire des idées. Encyclopédie Universalis. 2005, pp. 642-644.

Kupiec J.J. La différenciation cellulaire. Pour la science. Dossier Hors Série Les sociétés cellulaires (no 19). Avril 1998.

  |   Contacts & Plans  |   Mentions légales  |   Plan du site  |   Suivre la vie du site RSS